Group Evgeny Zdobnov

Presentation :

The Computational Evolutionary Genomics group is working in field of comparative genomics of eukaryotes. Comparative genomics is not only about annotating genomes, which is complex issue with important practical implications, but also about understanding principals of molecular evolution, which allow to approach the fundamental questions of the origin and evolution of biological complexity. Through the multiple analysis of animal genomes, we aim to elucidate and quantify evolutionary processes shaping repertoires of functional genomic elements such as proteins and RNA genes (e.g. microRNAs) and conserved non-genic sequences (CNS), as well as to interrogate and predict their functions using sequence variability patterns among different species and within populations. Giving priority to medical and evolutionary questions, we are focusing on two strategic directions of insect and vertebrate genomics, where we are participating in international collaborative projects to analyze the genomes and collaborating with experimental functional genomics laboratories. The importance of vertebrate genomics for characterization of the human genome and for medical genetics is apparent. Insects are also interesting in many respects: they include medically important category of blood feeders that have evolved independently as vectors of viral and parasitic diseases (e.g. malaria), they are known to have high rates of molecular evolution and afford representatives at various levels of divergence, beyond those that have been observed in vertebrates. Furthermore, the wealth of experimental data accumulating for model organisms drives our understanding of the human biology.

Le Groupe de Génomique Evolutionnaire Computationnelle étudie la génomique comparée des eucaryotes. La génomique comparée ne se limite pas à l'annotation de génomes (une branche complexe ayant d'importantes répercussions pratiques), elle inclut aussi l'étude des principes de l'évolution moléculaire, lesquels permettent d'approcher les questions fondamentales concernant l'évolution et la complexité du vivant. Par l'analyse multiple de génomes animaux, nous essayons d'élucider et de quantifier les processus évolutifs qui déterminent les répertoires d'éléments génomique fonctionnels comme les gènes de protéines et d'ARNs (p.ex. les micro-ARNs) et les séquences conservées non-géniques, de même que prédire leurs fonctions en se basant sur la variabilité de séquence au sein des espèces et des populations. Accordant la priorité aux questions médicales et évolutionnaires, nous nous concentrons sur deux directions stratégiques, la génomique des insectes et celle des vertébrés, dans lesquelles nous participons à des projets internationaux d'analyse de génomes et collaborons avec des laboratoires de génomique fonctionnelle. L'importance de la génomique des vertébrés pour la caractérisation du génome humain est évidente; celle des insectes est intéressante à plusieurs titres: ils comprennent un ensemble d'hématophages de grande importance médicale qui ont évolué indépendamment comme vecteurs de maladies virales et parasitaires (p. ex paludisme), ils sont connnus pour leur évolution moléculaire rapide et comprennent des représentants à divers degrés de divergence, au-delà de ce qui est observé chez les vertébrés. En outre, la richesse des données expérimentales qui s'accumule sur les organismes modèles nous aide à comprendre la biologie humaine.

People :

Evgeny Zdobnov PROFESSEUR ADJOINT Tel.:022 (37)95973 Local: CMU-9022	Stefan Wyder Postdoc Tel.:022 (37)95991 Local: CMU-9022	Thomas Junier Assistant Tel.:022 (37)95977 Local: CMU-9022
Daniel Gerlach Assistant Tel.:022 (37)95080 Local: CMU-9022	Charles Vejnar Assistant Tel.:022 (37)95080 Local: CMU-9022	Nazim Rahman Assistant Tel.:022 (37)95080 Local: CMU-9022

Projects :



Publications :

1. Lawson D, Arensburger P, Atkinson P, Besansky NJ, Bruggner RV, Butler R, Campbell KS, Christophides GK, Christley S, Dialynas E, Emmert D, Hammond M, Hill CA, Kennedy RC, Lobo NF, MacCallum MR, Madey G, Megy K, Redmond S, Russo S, Severson DW, Stinson EO, Topalis P, Zdobnov EM, Birney E, Gelbart WM, Kafatos FC, Louis C, Collins FH.
VectorBase: a home for invertebrate vectors of human pathogens.
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35 (Database issue):D503-5. Epub 2006 Dec 1.

2. Zdobnov EM* and Bork P
Quantification of insect genome divergence.
Trends Genet. 2007 Jan;23(1):16-20. Epub 2006 Nov 9. ( *- corresponding author)

3. Honeybee Genome Sequencing Consortium. (section leader)
Insights into social insects from the genome of the honeybee Apis mellifera.
Nature. 2006 Oct 26;443(7114):931-49.

4. Nairz K, Rottig C, Rintelen F, Zdobnov E, Moser M, Hafen E
Overgrowth caused by misexpression of a microRNA with dispensable wild-type function.
Dev Biol. 2006 Mar; 291(2):314-24.

Support Data :